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NBDC Research ID: hum0053.v1

 

研究内容の概要

目的: アスベスト曝露によって発症する悪性中皮腫の網羅的ゲノム解析により新規分子標的治療法候補分子の同定を行うとともに、新たな分子診断・治療法の開発を目指す

方法: 悪性中皮腫の外科手術検体あるいは樹立した中皮腫細胞株、および、同一症例の末梢血より抽出したゲノムDNAを用いた全エクソームシークエンス解析

対象: 悪性中皮腫38症例

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000062 NGS(Exome) 制限公開(Type I) 2016/07/20

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分子データ

JGAS00000000062

対象 悪性中皮腫:38症例(腫瘍組織および非腫瘍組織ペア:76検体)
規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina HiSeq 2000/2500
ライブラリソース

悪性中皮腫患者の外科手術検体あるいは樹立した中皮腫細胞株より抽出したDNA(腫瘍組織)

同一症例の末梢血から抽出したDNA(非腫瘍組織)

検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SureSelect Human All Exon V4 or V5 plus lncRNA (Agilent社)
断片化の方法 超音波断片化(Covaris社、E220)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp x 2
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000062
総データ量

596 GB

 ファイル数:76(bam、 ref:hg19)

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提供者情報

研究代表者: 中野 孝司

所 属 機 関: 兵庫医科大学 呼吸器内科

プロジェクト/研究グループ名: 次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム

URL: http://www.hyo-med.ac.jp/department/rspr/study.html

    http://www.pref.aichi.jp/cancer-center/ri/01bumon/03bunshi_shuyo/index.html

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
国立研究開発法人日本医療研究開発機構(AMED)委託事業

「分子プロファイリングによる新規標的同定を通じた難治がん治療法開発」

(悪性中皮腫のプロファイリングによる新規分子標的の同定)

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タイトルDOIデータID
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制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
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