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NBDC Research ID: hum0044.v1

 

研究内容の概要

目的: 成人T細胞白血病(ATL)細胞株(ED)のエピゲノムを調べる

方法: クロマチン免疫沈降後シークエンス

対象: ATL細胞株ED

 

データID内容制限公開日
DRA004162 NGS(ChIP-seq) 非制限公開 2016/10/31

※リリース情報はこちら

 

分子データ

DRA004162

対象 1名のATL罹患者の細胞から樹立したセルライン(ATL細胞株ED)
規模 ChIP-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NextSeq 500]
ライブラリソース ATL細胞株EDから抽出したクロマチンDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit
断片化の方法 超音波断片化(Diagenode社 Bioruptor USD-200)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 300 bp
DDBJ Sequence Read Archive ID DRA004162
総データ量 159.5 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

※FastqファイルのダウンロードはDRAから。

※論文等でデータベースからダウンロードしたデータを含む結果を公表する際には、下記文献を引用いただくか、NBDCヒトデータベースに登録されたデータを利用した旨について謝辞(Acknowledgement)に記載して下さい。記載例はこちら

 

提供者情報

研究代表者: 佐藤 賢文

所 属 機 関: 熊本大学 国際先端医学機構

プロジェクト/研究グループ名: 佐藤研究室

URL: http://www.caids.kumamoto-u.ac.jp/satou/index.html

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究(C) 成人T細胞白血病の制御へ向けたHTLV-1プロウイルス解析 26461428
公益財団法人 武田科学振興財団 HTLV-1 を起点とした成人 T 細胞白血病発症メカ ニズム解明と早期診断法の確立 -

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 The retrovirus HTLV-1 inserts an ectopic CTCF-binding site into the human genome doi: 10.1073/pnas.1423199113 DRA004162
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