hum0035 リリース情報

Research ID公開日内容
hum0035.v2 2017/12/26 NGS(Exome、Target amplicon deep sequencing、RNA-seq)、SNP-chip、メチル化アレイ
hum0035.v1 2015/09/16 NGS(Exome)

 

hum0035.v2

このバージョンでは、神経芽腫522症例、小児膵芽腫10症例の腫瘍組織と、対応する末梢血(非腫瘍組織)、神経芽腫細胞株39検体を対象とした以下の解析結果を追加した(JGAS00000000046、JGAS00000000088)。

・SNP-chip解析:神経芽腫522症例、小児膵芽腫10症例の腫瘍組織と、対応する末梢血(非腫瘍組織)、神経芽腫細胞株39検体

Copy Number Variation (CNV)の決定には、GeneChip Human Mapping 250k NsplもしくはCytoscan HD(Affymetrix)を使用している。

・NGSによるTarget amplicon deep sequencing:神経芽腫 522症例の腫瘍組織

塩基配列型決定には、HiSeq 2000、MiSeq(Illumina)を使用している。

・エクソーム解析:小児膵芽腫10症例の腫瘍組織と、対応する末梢血(非腫瘍組織)

SureSelect Human ALL Exon kit(50Mb kit, v4もしくはv5)を用いてExon領域にしぼり、HiSeq 2000/2500にて平均長75-108塩基のDNA断片を解読した(Paired-end)。

・RNA-seq解析:小児膵芽腫10症例の腫瘍組織のみ

BioLabs NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina もしくはIllumina TruSeq RNA Sample Preparation Kit v2 を用いてライブラリを作製し、HiSeq 2500にて平均長108塩基断片を解読した(Paired-end)。

・メチル化アレイ解析:小児膵芽腫10症例の腫瘍組織のみ

Infinium MethylationEPIC(Illumina)を用いてメチル化解析を行った。

 

hum0035.v1

このバージョンでは、小児横紋筋肉腫16症例および胸膜肺芽腫7症例の腫瘍組織と、対応する末梢血(非腫瘍組織)をペアでエクソーム解析し、その結果をbamファイルにて提供する(JGAS00000000036)。SureSelect Human ALL Exon kit(50Mb kit, v4)を用いてExon領域にしぼり、HiSeq 2000/2500にて平均長75-108塩基のDNA断片を解読した(Paired-end)。

 

Note: