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NBDC Research ID: hum0032.v1

 

研究内容の概要

目的: 国際ヒトエピゲノムコンソーシアム(The International Human Epigenome Consortium: IHEC)に参画し、年齢・性別の異なる複数の日本人検体から得られた正常細胞等の高品質な標準エピゲノムプロファイルを取得し、データを広く公開して研究基盤形成に貢献する。

方法: 肝部分切除術検体から純化した肝細胞を対象とするWGBS解析、ChIP-seq解析、RNA-seq解析

対象: 肝部分切除術検体から純化した肝細胞 8種類(正常:6例、B型肝炎ウイルス感染陽性:1症例、C型肝炎ウイルス感染陽性:1症例)

URL: http://crest-ihec.jp/project/index.html

 

データID内容制限公開日
JGAS000000026 NGS(WGBS) 制限公開(Type I) 2016/07/22
JGAS000000027 NGS(ChIP-seq) 制限公開(Type I) 2016/07/22
JGAS000000028 NGS(RNA-seq) 制限公開(Type I) 2016/07/22

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分子データ

JGAS00000000026

対象 肝部分切除術検体から純化した肝細胞 8種類(正常6検体、B型肝炎ウィルス感染陽性1検体、C型肝炎ウィルス感染陽性1検体)
規模 WGBS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000]
ライブラリソース 肝部分切除術検体から純化した肝細胞
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名)

Post-Bisulfite Adaptor-Tagging(PBAT)法

http://crest-ihec.jp/epigenome/index.html

断片化の方法 Post-bisulfite adaptor-tagging(PBAT)法による(Bisulfite変換に伴うDNA切断)
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000026
総データ量 76 GB(8664 file: 16,901,103,593 reads)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

JGAS00000000027

対象 肝部分切除術検体から純化した肝細胞 8種類(正常6検体、B型肝炎ウィルス感染陽性1検体、C型肝炎ウィルス感染陽性1検体)
規模 ChIP-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000/2500]
ライブラリソース 肝部分切除術検体から純化した肝細胞
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) 抗H3K4me3,H3K9me3, H3K27me3, H3K27ac, H3K4me1, H3K36me3モノクローナル抗体(東京工業大学木村宏教授提供)を用いて免疫沈降
断片化の方法 超音波破砕(BRANSON SLPe, amplitude 40%, on 30 sec and off 30 sec, 10 cycles, on ice)
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 36 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000027
総データ量 90 GB(601 file: 2,299,849 reads)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

JGAS00000000028

対象 肝部分切除術検体から純化した肝細胞 8種類(正常6検体、B型肝炎ウィルス感染陽性1検体、C型肝炎ウィルス感染陽性1検体)
規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000]
ライブラリソース 肝部分切除術検体から純化した肝細胞
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名)

TruSeq RNA Library Preparation Kit v2 (Illumina) ないし

SureSelect Strand Specific RNA kit (Agilent)

断片化の方法 二価陽イオンと温度(94℃) によるRNAの断片化
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000028
総データ量 76 GB(644 file: 1,092,677,168 reads)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 金井 弥栄

所 属 機 関: 国立がん研究センター研究所 分子病理分野

プロジェクト/研究グループ名:革新的先端研究開発支援事業(AMED-CREST) 国際ヒトエピゲノムコンソーシアム(IHEC)金井チーム

URL: http://crest-ihec.jp/index.html

URL: http://www.jst.go.jp/kisoken/crest/research_area/completed/bunyah23-4.html

URL: http://www.nccri.ncc.go.jp/s001/010/020/20151208013529.html

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
国立研究開発法人日本医療研究開 発機構革新的先端研究開発支援事業(AMED-CREST) 「エピゲノム研究に基づく診断・治療へ向けた新技術の創出」領域 -

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Amplification-free whole-genome bisulfite sequencing by post-bisulfite adaptor tagging. doi: 10.1093/nar/gks454 JGAD00000000026
2 Multilayer-omics analyses of human cancers: exploration of biomarkers and drug targets based on the activities of the International Human Epigenome Consortium. doi: 10.3389/fgene.2014.00024 -

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
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