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NBDC Research ID: hum0011.v1

 

研究内容の概要

目的: B型肝炎ウィルスのヒトゲノム内への組み込み解析研究

方法: Target enrichment systemによりHBVゲノム組み込み部位を含むヒトゲノムをキャプチャし、ライブラリとして用いた次世代シークエンス解析

対象: PLC/PRF/5細胞株1サンプル、HepG22215細胞株1サンプル、HBV感染ヒト肝癌 8症例

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000015 NGS(Target Capture) 制限公開(Type I) 2015/10/07

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分子データ

JGAS00000000015

対象

PLC/PRF/5細胞株 1サンプル、

HepG22215細胞株 1サンプル、

HBV感染ヒト肝癌 8症例

規模 Target Capture
対象領域(Target Captureの場合)

HBVゲノム組み込み部位を含むヒトゲノム

Platform Roche GS FLX Titanium
ライブラリソース HBV感染ヒト肝癌臨床組織
検体情報(購入の場合)

PLC/PRF/5細胞株(肝細胞癌、HBs抗原陽性)

HepG22215細胞株(肝癌細胞、HBVが組込まれている)

ライブラリ作製方法(キット名) カスタム
断片化の方法 超音波断片化(Covaris社)
ライブラリ構築方法 GS Run Processor
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 321.10 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000015
総データ量

1.84 GB

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提供者情報

研究代表者: 山本 博幸

所 属 機 関: 聖マリアンナ医科大学 消化器・肝臓内科

プロジェクト/研究グループ名: -

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
文部科学省科学研究費 基盤研究(C) B型肝炎の肝発癌におけるHBx遺伝子の役割の網羅的解析 23590964

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 DNA methylation at hepatitis B viral integrants is associated with methylation at flanking human genomic sequences. doi: 10.1101/gr.175240.114. JGAD00000000015
2      

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
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