NBDC Research ID: hum0009.v3
研究内容の概要
目的： ヒト初期発生過程におけるDNAメチル化ダイナミクスの解明
方法： post-bisulfite adaptor tagging（PBAT）法によりライブラリー調製をし、Illimina社 HiSeq 2000もしくは2500を使用したメチル化解析
対象： 日本人正常卵子、精子、受精卵（着床前胚）、臍帯血から抽出したゲノムDNA
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| DRA003802 | NGS（PBAT-seq） | 非制限公開 | 2015/08/03 |
| JGAS000006 | NGS（PBAT-seq） | 制限公開（Type I） | 2014/12/24 |
| hum0009v1.CpG.v1 | CpGサイトのメチル化率情報 | 非制限公開 | 2015/01/07 |
※リリース情報はこちら
※論文等でデータベースからダウンロードしたデータを含む結果を公表する際には、下記文献を引用いただくか、NBDCヒトデータベースに登録されたデータを利用した旨について謝辞（Acknowledgement）に記載して下さい。記載例はこちら。
※2015/6/30よりJGAS000006（制限公開[Type I]）のアクセス制限を変更し、非制限公開データ（DRA003802）として公開しております。
分子データ
DRA003802（JGAS000006と同じデータセット内容です。）
| 対象 |
11検体 正常卵子、精子、受精卵（着床前胚）、臍帯血 （卵子、着床前胚についてはプールしたDNAを使用） |
| 規模 | PBAT-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000/2500] |
| ライブラリソース |
それぞれの組織から抽出したDNAを使用 卵子（増幅有）※1：79検体をプール 卵子（増幅無）※1：123検体をプール 精子：3検体 受精卵（着床前胚）：80検体をプール 臍帯血：5検体 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Post-bisulfite adaptor-tagging（PBAT）法※2 |
| 断片化方法 | バイサルファイト処理 |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプター、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| DDBJ Sequence Read Archive ID | DRA003802 |
| 総データ量 | 500 GB |
| コメント（利用にあたっての制限事項） |
※1：下記関連論文1参照
※2：Miura, F., Enomoto, Y., Dairiki, R. & Ito, T. (2012) Amplification-free whole genome bisulfite sequencing by post-bisulfite adaptor tagging. Nucleic Acids Res. 40, e136参照
JGAS000006 （DRA003802[非制限公開]にアクセス制限が変更されました。DRA003802をご参照ください。）
| 対象 |
11検体 正常卵子、精子、受精卵（着床前胚）、臍帯血 （卵子、着床前胚についてはプールしたDNAを使用） |
| 規模 | ゲノムワイドなメチル化シトシン同定 |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000/2500] |
| ライブラリソース |
それぞれの組織から抽出したDNAを使用 卵子（増幅有）※1：79検体をプール 卵子（増幅無）※1：123検体をプール 精子：3検体 受精卵（着床前胚）：80検体をプール 臍帯血：5検体 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Post-bisulfite adaptor-tagging（PBAT）法※2 |
| 断片化方法 | バイサルファイト処理 |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプター、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000006 |
| 総データ量 | 500 GB |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy および 民間企業における利用禁止 |
※1：下記関連論文1参照
※2：Miura, F., Enomoto, Y., Dairiki, R. & Ito, T. (2012) Amplification-free whole genome bisulfite sequencing by post-bisulfite adaptor tagging. Nucleic Acids Res. 40, e136参照
DRA003802（JGAD000006）の集計情報です。
| クオリティコントロール方法 | バイサルファイト変換効率＞99％（λファージゲノムを使用） |
| マッピング方法 | 末端4塩基をトリム後、Bismark（v.0.9.0）のデフォルトパラメータを使用してアライメントを実施した。 |
| リファレンス配列 | UCSC hg19 |
| 平均カバー率（Depth） |
卵子（増幅有）：4.5 卵子（増幅無）：2.5 精子-1：7.6 精子-2：8.1 精子-3：8.8 受精卵（着床前胚）：23.5 臍帯血-1：3.2 臍帯血-2：3.4 臍帯血-3：3.1 臍帯血-4：3.2 臍帯血-5：3.6 |
| メチレーション率算出方法 | Bismark（v.0.9.0）のmethylation extractorを使用し、各シトシンのメチル化率を算出。CpGサイトについては、両ストランドのリードを合わせてメチル化率を算出した。 |
| 総リード数 / ユニークにマップされたリード数 |
卵子（増幅有）：752 million reads / 144 million reads 卵子（増幅無）：153 million reads / 80 million reads 精子-1：392 million reads / 243 million reads 精子-2：457 million reads / 259 million reads 精子-3：450 million reads / 281 million reads 受精卵（着床前胚）：1275 million reads / 750 million reads 臍帯血-1：181 million reads / 102 million reads 臍帯血-2：185 million reads / 108 million reads 臍帯血-3：177 million reads / 98 million reads 臍帯血-4：179 million reads / 101million reads 臍帯血-5：196 million reads / 114 million reads |
| データのダウンロード | |
| コメント（利用にあたっての制限事項） |
提供者情報
研究代表者： 有馬 隆博
所 属 機 関： 東北大学大学院 医学系研究科 環境遺伝医学総合研究センター 情報遺伝学分野
プロジェクト/研究グループ名：
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST） | 生殖発生にかかわる細胞のエピゲノム解析基盤研究 | JP17gm0510011 |
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究 | ヒト生殖細胞のエピゲノムダイナミクスとその制御機構 | 26112502 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Genome-Wide Analysis of DNA Methylation Dynamics during Early Human Development | doi:10.1371/journal.pgen.1004868 | DRA003802（JGAS000006） |
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