NBDC Research ID: hum0004.v1
研究内容の概要
目的： アジア人に発症頻度の高いEGFR変異陽性肺腺がんの網羅的遺伝子変異プロファイルを明らかにする
方法： 全エクソンシークエンシング（Illumina [Genome Analyzer IIx]）
対象： 手術切除された97例の肺腫瘍組織及び非腫瘍組織から抽出したゲノムDNA
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000001 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2014/07/11 |
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分子データ
| 対象 | 97例の肺腫瘍組織及び非腫瘍組織 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [Genome Analyzer IIx] |
| ライブラリソース | 肺腫瘍組織及び非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Target Enrichment System |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 76 bp x 2 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000001 |
| 総データ量 | |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy および hum0004 policy |
提供者情報
研究代表者： 後藤 功一
所 属 機 関： 国立がん研究センター東病院 呼吸器内科
プロジェクト/研究グループ名： 国立がん研究センター 先端医療開発センター トランスレーショナルインフォマティクス分野
URL： https://www.ncc.go.jp/jp/epoc/division/translational_informatics/kashiwa/members/010/index.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 肺腺癌ゲノム解析に基づく治療標的キナーゼの探索 | 24300345 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Identification and characterization of cancer mutations in Japanese lung adenocarcinoma without sequencing of normal tissue counterparts. | doi: 10.1371/journal.pone.0073484 | JGAD000001 |
| 2 | Clinicopathological characteristics of EGFR mutated adenosquamous carcinoma of the lung. | doi: 10.1111/pin.12033 | |
| 3 | Immunohistochemical and genetic characteristics of lung cancer mimicking organizing pneumonia. | doi: 10.1016/j.lungcan.2017.10.001 | |
| 4 | Podoplanin-positive cancer-associated fibroblast recruitment within cancer stroma is associated with a higher number of single nucleotide variants in cancer cells in lung adenocarcinoma. | doi: 10.1007/s00432-018-2619-3 | |
| 5 | Characterization of the tumor immune-microenvironment of lung adenocarcinoma associated with usual interstitial pneumonia. | doi: 10.1016/j.lungcan.2018.11.006 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| Youping Deng | Department of Complementary and Integrative Medicine, University of Hawai Manoa | JGAD000001 | 2018/10/04-2025/07/10 | ||
| 中岡 博史 | 公益財団法人佐々木研究所 腫瘍ゲノム研究部 | 日本 | 肺がん遺伝子解析研究 | JGAD000001 | 2022/08/06-2023/03/31 |
