NBDC Research ID: hum0083.v1

 

研究内容の概要

目的: 扁平上皮癌・非扁平上皮癌を鑑別するバイオマーカーの探索

方法: CAGE(Cap Analysis of Gene Expression)

対象: 97症例の肺癌(扁平上皮癌および非扁平上皮癌)摘出組織

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000070 NGS (CAGE-seq) 制限公開(Type I) 2016/10/28

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分子データ

JGAS00000000070

対象 97症例の肺癌(扁平上皮癌および非扁平上皮癌)摘出組織
規模 CAGE-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 肺癌の摘出腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) CAGE assay ※論文Method参照
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 47 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000070
総データ量 45 GB (fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

※CAGE assayの参照論文

1) Novel biomarkers that assist in accurate discrimination of squamous cell carcinoma from adenocarcinoma of the lung. BMC Cancer 2016; 16:760 (doi: 10.1186/s12885-016-2792-1)

2) Detecting expressed genes using CAGE. Methods Mol Biol. 2014; 1164:67–85. (doi: 10.1007/978-1-4939-0805-9_7)

 

提供者情報

研究代表者: 林崎 良英

所 属 機 関: 理化学研究所 予防医療・診断技術開発プログラム

プロジェクト/研究グループ名: -

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究(C) CAGE法によるRNA解析を用いた肺原発扁平上皮癌に特異的なマーカーの開発 25462185
公益財団法人 喫煙科学財団 胸部悪性腫瘍に対する個別化治療のためのバイオマーカーの探索とデータベースの構築 -
理化学研究所 オミックス基盤研究領域 運営費交付金 - -
理化学研究所 予防医療・診断技術開発プログラム 運営費交付金 - -

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Novel biomarkers that assist in accurate discrimination of squamous cell carcinoma from adenocarcinoma of the lung doi: 10.1186/s12885-016-2792-1 JGAD00000000070
2      

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
堀江 真史 東京大学 保健健康推進本部 JGAD00000000070 2017/01/11-2021/11/30
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