NBDC Research ID: hum0083.v2
研究内容の概要
目的： 扁平上皮がん・非扁平上皮がんを鑑別するバイオマーカーの探索
方法： CAGE（Cap Analysis of Gene Expression）
対象： 97＋38症例の肺がん（扁平上皮がんおよび非扁平上皮がん）および10症例の胸膜中皮腫摘出組織
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000070 | NGS （CAGE-seq） | 制限公開（Type I） | 2016/10/28 |
| JGAS000488 | NGS （CAGE-seq） | 制限公開（Type I） | 2022/01/24 |
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分子データ
| 対象 |
肺がん（扁平上皮がんおよび非扁平上皮がん）（ICD10：C34）：97＋38症例 胸膜中皮腫（ICD10：C450）：10症例 |
| 規模 | CAGE-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 肺がんおよび胸膜中皮腫の摘出腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | CAGE assay（※論文Method参照） |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 47 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | |
| 総データ量 | 45＋30 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
1) Novel biomarkers that assist in accurate discrimination of squamous cell carcinoma from adenocarcinoma of the lung. BMC Cancer 2016; 16:760 (doi: 10.1186/s12885-016-2792-1)
2) Detecting expressed genes using CAGE. Methods Mol Biol. 2014; 1164:67–85. (doi: 10.1007/978-1-4939-0805-9_7)
提供者情報
研究代表者： 林崎 良英 / 向後 泰司
所 属 機 関： 理化学研究所 予防医療・診断技術開発プログラム / 理化学研究所 科技ハブ産連本部
プロジェクト/研究グループ名： CAGE法による胸部悪性腫瘍における新規バイオマーカーの網羅的解析（順天堂大学 高持一矢）
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | CAGE法によるRNA解析を用いた肺原発扁平上皮癌に特異的なマーカーの開発 | 25462185 |
| 公益財団法人 喫煙科学財団 | 胸部悪性腫瘍に対する個別化治療のためのバイオマーカーの探索とデータベースの構築 | - |
| 理化学研究所 オミックス基盤研究領域 運営費交付金 | - | - |
| 理化学研究所 予防医療・診断技術開発プログラム 運営費交付金 | - | - |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 創薬等ライフサイエンス研究支援基盤事業 創薬等先端技術支援基盤プラットフォーム（BINDS） | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Novel biomarkers that assist in accurate discrimination of squamous cell carcinoma from adenocarcinoma of the lung | doi: 10.1186/s12885-016-2792-1 |
JGAD000070 JGAD000605 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|
| 堀江 真史 | 東京大学 保健健康推進本部 | JGAD000070 | 2017/01/11-2021/11/30 |
