NBDC Research ID: hum0069.v1

 

研究内容の概要

目的: 神経疾患患者の脳脊髄液(CSF)および血清中のエクソソーム分画におけるsmall RNA(miRNA)のプロファイリングを次世代シークエンサーを用いて行うことで、有用性の高いバイオマーカーを探索する。

方法: 腰椎穿刺によりCSFおよび血清を採取し、超遠心法によりエクソソーム分画を分離後Total RNAを抽出した。Small RNAライブラリーはTruSeq Small RNA Library Prep Kit(Illumina社)を用いて作製し、10-30塩基のRNAを解析のターゲットとしてPCR 15サイクルで増幅後、HiSeq 2500(Illumina社)を用いて50 baseを読んだ(single-end)。Small RNAシークエンスデータはBWA(version 0.5.9)を用いてhuman reference genome(hg19)にマッピング、small RNAクラスターのmiRNAへのアノテーションにはmiRbase(version 20)を用いた。また、miRdeep2 package(version 2.0.0.7)の‘quantifier.pl’スクリプトを用いたデータ処理、解析もあわせて施行した。

対象: 3名の神経筋疾患患者から得られた脳脊髄液および血清ペア(合計6検体)

URL: http://www.tmd.ac.jp/med/nuro/study.html#study01_2

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000064 NGS(small RNA-seq) 制限公開(Type I) 2016/12/09

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分子データ

JGAS00000000064

対象

神経筋疾患:3症例

脳脊髄液および血清ペア (合計 6検体、12サンプル)

規模 small RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合)
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 脳脊髄液および血清のエクソソーム分画から抽出したTotal RNA
検体情報(購入の場合)
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq Small RNA Library Prep Kit(Illumina社)
断片化の方法
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 50 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000064
総データ量

5 GB

 Data ファイル数:12 (fastq)

 Analysis ファイル数:1 (other、ref:hg19)

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提供者情報

研究代表者: 横田 隆徳

所 属 機 関: 東京医科歯科大学大学院 脳神経病態学分野(神経内科)

プロジェクト/研究グループ名: 体液中マイクロRNA測定技術基盤開発プロジェクト

URL: http://www.microrna.jp

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
AMED/NEDO 体液中マイクロRNA測定技術基盤開発 16ae0101016h00039

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Next-generation sequencing-based small RNA profiling of cerebrospinal fluid exosomes. doi: 10.1016/j.neulet.2016.10.042 JGAD00000000064
2      

 

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