メンテナンスのため、NBDCヒトデータベースのサイトを一時停止します。予定日時:2017/1/24 9:00-18:00

メンテナンスのため、JGAが一時停止します。停止するサービスの詳細はこちら。停止期間:2017/2/10 18:00 - 2017/2/20 午前

NBDC Research ID: hum0050.v1

 

研究内容の概要

目的: HBV感染者の血液のトランスクリプトームを理解する。

方法: 血液からRNAを抽出し、Cap Analysis of Gene Expression(CAGE)ライブラリを作成後、シークエンシングを実施

対象: 抗ウイルス療法未施行のGenotype Cの男性HBVキャリア

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000053 NGS(CAGE-seq) 制限公開(Type I) 2016/09/30

※リリース情報はこちら

※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら

 

分子データ

JGAS00000000053

対象 抗ウイルス療法未施行のGenotype Cの男性HBVキャリア:8症例
規模 CAGE-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000]
ライブラリソース 抗ウイルス療法未施行のGenotype Cの男性HBVキャリアの血液より抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) nAnT-iCAGE v2.1
断片化の方法 断片化なし
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 47 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000053
総データ量

3 GB(fastq、bam [reference sequence: hg19])

コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 松浦 知和

所 属 機 関: 東京慈恵会医科大学 臨床検査医学講座

プロジェクト/研究グループ名: -

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号

AMED 感染症実用化研究事業

(肝炎等克服実用化研究事業「B型肝炎創薬実用化等研究事業」)

次世代生命基盤技術を用いたB型肝炎制圧のための創薬研究 15fk0310004h0004

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Single-nucleotide-resolution mapping of HBV promoters in infected human livers and hepatocellular carcinoma
2      

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
Go to top