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NBDC Research ID: hum0040.v1

 

研究内容の概要

目的: ヒト胎盤におけるインプリント制御領域およびインプリント遺伝子の同定

方法: 母親由来アリルと父親由来方アリルを区別するため、Whole Genome Sequencing (WGS)もしくはWhole Exon sequencing (WES)解析を用い、ヒト胎盤および母体血より一塩基多型情報を取得した。次に、ヒト胎盤サンプルのBisulfite sequencing(BS-seq)解析およびRNA-seq解析を行い、アリル特異的DNAメチル化および遺伝子発現解析を行った。

対象: ヒト胎盤および母体血

 

データID内容制限公開日
JGAS000000038

Whole Genome Sequencing(WGS)

Whole Exon sequencing (WES)

Bisulfite sequencing(BS-seq)

RNA-seq

制限公開(Type I) 2016/09/16

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分子データ

Whole Genome Sequencing

対象

胎盤 :2検体

母体血:2検体

規模 WGS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 胎盤および母体血から抽出したゲノムDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq Nano DNA LT Sample Prep Kit
断片化の方法 超音波断片化(Covaris社、 M220)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 101 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD000000038
総データ量 約 540 GB (fastq.gz)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

Whole Exon sequencing

対象

胎盤 :24検体

母体血:24検体

規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 胎盤および母体血から抽出したゲノムDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名)

SureSelect Human All Exon V5+UTRs Kit および

TruSeq Nano DNA LT Sample Prep Kit

断片化の方法 超音波断片化(Covaris社、 M220)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 101 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD000000038
総データ量 約 490 GB (fastq.gz)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

Bisulfite sequencing

購入

対象 胎盤:15検体
規模 BS-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 胎盤から抽出したゲノムDNA
検体情報(の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) PBAT法 もしくは NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit
断片化の方法

超音波断片化(Covaris社、 M220)

PBAT法は断片化なし

ライブラリ構築方法 Paired-end もしくは Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 101 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD000000038
総データ量 約 320 GB (fastq.gz)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

RNA-seq

対象 胎盤 :21検体
規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 胎盤から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit
断片化の方法 熱処理
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 101 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD000000038
総データ量 約 220 GB (fastq.gz)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 有馬 隆博

所 属 機 関: 東北大学大学院 医学系研究科 環境遺伝医学総合研究センター 情報遺伝学分野

プロジェクト/研究グループ名:生殖発生にかかわる細胞のエピゲノム解析基盤研究

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
革新的先端研究開発支援事業AMED 生殖発生にかかわる細胞のエピゲノム解析基盤研究 -

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Allele-specific methylome and transcriptome analysis reveals widespread imprinting in the human placenta doi: http://dx.doi.org/10.1016/j.ajhg.2016.08.021 JGAD000000038

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
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