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NBDC Research ID: hum0034.v1

 

研究内容の概要

目的: 難治療性の小細胞肺癌(small cell lung cancer: SCLC)を対象として網羅的ゲノム解析を実施し、新たな治療標的を発見することにより新しい分子標的治療法の開発に結びつけること

方法: ホルマリン固定ないしメタノール固定された組織より抽出したゲノムDNA断片から SureSelect Human All Exon V4+UTRs Kit(Agilent Technologies)を用いて全エクソンを含む71Mb領域をキャプチャし、Illumina HiSeq 2000により100-bpペアエンドシークエンスを行った。

対象: 1992-2012年に国立がん研究センター東病院 呼吸器内科の肺癌データベースに登録された小細胞肺癌約1042例のうち、手術・生検が施行され、小細胞肺癌の病理診断が確定し、全エクソンシークエンスに必要なゲノムDNAが抽出可能だった51例

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000037 Exome(NGS) 制限公開(Type I) 2015/10/01

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分子データ

JGAS00000000037

対象

1992-2012年に国立がん研究センター東病院 呼吸器内科の肺癌データベースに登録された小細胞肺癌約1042例のうち、手術・生検が施行され、小細胞肺癌の病理診断が確定し、全エクソンシークエンスに必要なゲノムDNAが抽出可能だった51例

規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合)

-

Platform Illumina [HiSeq 2000]
ライブラリソース ホルマリン固定ないしメタノール固定された組織より抽出したゲノムDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SureSelect Human All Exon V4+UTRs Kit(Agilent社)
断片化の方法 超音波断片化(Covaris社、 S220)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000037
総データ量 3 TB
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提供者情報

研究代表者: 後藤功一

所 属 機 関: 国立がん研究センター 東病院呼吸器内科

プロジェクト/研究グループ名: 難治性の小細胞肺がんを対象とした網羅的ゲノム解析による新しい分子標的治療法の開発

URL:

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究(B) 小細胞肺癌のゲノムワイド網羅的解析による発生分子基盤の解明と治療標的の探索 24300346
科学研究費助成事業 若手研究(B) 大細胞神経内分泌肺癌の標的遺伝子解析による新しい治療法の探索 26870876
国立がん研究センターがん研究開発費 がん研究分野における生物統計学・情報学研究基盤の構築に関する研究 23-A-8
国立がん研究センターがん研究開発費 がん治療の早期開発試験およびその研究体制確立に関する研究 23-A-15
次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム 小細胞肺がんの全ゲノム網羅的解析による治療標的の探索 15cm0106063h0005

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Therapeutic priority of the PI3K/AKT/mTOR pathway in small cell lung cancers as revealed by a comprehensive genomic analysis. doi: 10.1097/JTO.0000000000000250. JGAD00000000037
2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
Anton Berns The Netherlands Cancer Institute, Division of Molecular Genetics JGAD00000000037 2016/03/30-2017/11/30
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