NBDC Research ID: hum0033.v1

 

研究内容の概要

目的: ヒト唾液には直径が30~100nmの膜小胞であるエキソソームIとエキソソームIIが存在している。本研究では、エキソソームI、エキソソームIIおよび全唾液に含まれるlong RNA(protein-coding RNA and long non-coding RNA)の量の比較を実施することを目的としている。

方法: 吐出法を用いて採取した唾液からエキソソームIとエキソソームIIを純化し、RNAを抽出した。Short non-coding RNAを除いたものをライブラリとし、次世代シークエンサーを用いてRNA量を検討した。

対象: 日本人成人健常者1名の唾液から純化したエキソソームI、エキソソームIIおよび全唾液を使用した。

URL: http://pharm.thu.ac.jp/research/unit/makukinou.html

 

データID内容制限公開日
DRA003516 NGS (RNA-seq) 非制限公開 2015/04/28

※リリース情報はこちら

 

分子データ

DRA003516

対象

日本人成人女性(健常者)1名の全唾液および

唾液から純化したエキソソームIおよびエキソソームII(3検体)

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合)

-

Platform

Illumina [GAIIx]

ライブラリソース

唾液から純化したエキソソームI、エキソソームIIおよび全唾液中のLong RNA

検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) RampUP RNA amplification Kit(Genisphere)にてRNA増幅後にrandom primerにて逆転写を行い、末端修復、A付加、アダプターライゲーション後、200-400bpのcDNAをPCR増幅して作成した
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 36-51 bp
DDBJ Sequence Read Archive ID DRA003516
総データ量

3.9 GB

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NBDC policy

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提供者情報

研究代表者: 矢ノ下良平

所 属 機 関: 帝京平成大学・薬学部・薬学科

プロジェクト/研究グループ名: 膜機能研究ユニット

URL: http://pharm.thu.ac.jp/research/unit/makukinou.html

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号

科学研究費助成事業 基盤研究(C)

アミノペプチダーゼ内包エキソソームによる免疫活性化カスケードの分子機構とその制御 25460172

科学技術振興機構

「産学共同シーズイノベーション化事業・顕在化ステージ」

医薬品開発に応用できる生体成分由来ナノキャリアの開発

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関連論文

タイトルDOIデータID
1 Small RNA transcriptomes of two types of exosomes in human whole saliva determined by next generation sequencing. doi.org/10.1248/bpb.b12-00607 DRA003516
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