メンテナンスのため、NBDCヒトデータベースのサイトを一時停止します。予定日時:2017/1/24 9:00-18:00

メンテナンスのため、JGAが一時停止します。停止するサービスの詳細はこちら。停止期間:2017/2/10 18:00 - 2017/2/20 午前

NBDC Research ID: hum0012.v1

 

研究内容の概要

目的: 市民の健康づくりの推進と予防医学の発展への貢献

方法: アレイによる遺伝子型データ(一般市民を対象とする多目的コホート研究)

対象: 3712名

URL: http://zeroji-cohort.com/project/index.html

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000012

ながはま0次コホートスタディにおける

3712名分の遺伝子型情報

制限公開(Type I) 2015/08/19

※リリース情報はこちら

※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら

 

分子データ

JGAS00000000012

対象

日本人健常人 3712名

対象毎に実施プラットフォームが異なります

規模 genome wide SNPs
対象領域(Target Captureの場合)

-

Platform Illumina Genotyping Arrays
ソース 末梢血から抽出したgDNA
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン)

Illumina Human610-Quad Beadchip Kit

HumanOmni2.5-4v1 BeadChip Kit

HumanOmni2.5-8v1 BeadChip Kit

HumanOmni2.5S-8v1 BeadChip Kit

HumanExome-12v1 BeadChip Kit

HumanCoreExome-12v1 BeadChip Kits

遺伝子型決定アルゴリズム(ソフトウェア) GenCall software (GenomeStudio)

マーカー数(raw-call)

※Illumina Final Report形式ファイル

Human610-Quad: 620,901 SNPs

HumanOmni2.5-4v1: 2,443,177 SNPs

HumanOmni2.5-8v1: 2,379,855 SNPs

HumanOmni2.5S-8v1: 2,015,318 SNPs

HumanExome-12v1: 247,870 SNPs

HumanCoreExome-12v1: 538,448 SNPs

フィルタリング

BLASTを用いた周辺配列アライメントによる位置の一意化。

CNV用プローブ、複数個所にマップされたプローブ、および、

マップされなかったプローブ情報を除去。

マーカー数(フィルタ後)

※ped/map形式ファイル

Human610-Quad: 597,140 SNPs

HumanOmni2.5-4v1: 2,431,379 SNPs

HumanOmni2.5-8v1: 2,372,060 SNPs

HumanOmni2.5S-8v1: 2,008,033 SNPs

HumanExome-12v1: 246,805 SNPs

HumanCoreExome-12v1: 518,247 SNPs

Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000012
総データ量 5 GB (Illumina Final Report形式およびped/map形式※1
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

※1:Illumina Final Report形式ファイルは各個人各プラットフォームのデータになります。ped/map形式ファイルは、プラットフォーム毎の対象者の遺伝子型一覧になります。

検体-プラットフォーム対応表はこちら

 

提供者情報

研究代表者: 松田 文彦

所 属 機 関: 京都大学医学研究科附属ゲノム医学センター

プロジェクト/研究グループ名: ながはま0次コホート事業

URL: http://zeroji-cohort.com/project/index.html

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
特別研究経費(運営費交付金)

ゲノム医学を用いた地域疫学コホート事業

ー大学と自治体の連携による21世紀型の新たな健康づくりの試みー

-
武田科学振興財団 特定研究助成金 1万人ゲノム疫学コホートを用いた生活習慣病の遺伝因子の解明 -

厚生労働科学研究費補助金

難病・がん等の疾患分野の医療の実用化研究事業

網羅的統合オミックス解析を用いた難病の原因究明と

新規診断・治療法の確立

11103334

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 A genome-wide association study of serum levels of prostate specific antigen in the Japanese population. doi: 10.1136/jmedgenet-2014-102423 JGAD00000000012
2 Three missense variants of metabolic syndrome-related genes are associated with alpha-1 antitrypsin levels doi:10.1038/ncomms8754 JGAD00000000012

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
野口恵美子 筑波大学医学医療系遺伝医学 JGAD00000000012 2016/08/25-2022/04/01
Go to top