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NBDC Research ID: hum0009.v3

研究内容の概要

目的: ヒト初期発生過程におけるDNAメチル化ダイナミクスの解明

方法: post-bisulfite adaptor tagging(PBAT)法によりライブラリー調製をし、Illimina社 HiSeq 2000もしくは2500を使用したメチル化解析

対象: 日本人正常卵子、精子、受精卵(着床前胚)、臍帯血から抽出したゲノムDNA。

 

データID内容制限公開日
DRA003802 NGS(PBAT) 非制限公開 2015/08/03
JGAS00000000006 NGS(PBAT) 制限公開(Type I) 2014/12/24
hum0009v1.CpG.v1 CpGサイトのメチル化率情報 非制限公開 2015/01/07

※リリース情報はこちら

※2015/6/30よりJGAS00000000006(制限公開[Type I])のアクセス制限を変更し、オープンデータ(DRA003802)として公開しております。

 

分子データ

DRA003802(JGAS00000000006と同じデータセット内容です。)

対象

11検体

正常卵子、精子、受精卵(着床前胚)、臍帯血

(卵子、着床前胚についてはプールしたDNAを使用)

規模 ゲノムワイドなメチル化シトシン同定
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina Hiseq 2000/2500
ライブラリソース

それぞれの組織から抽出したDNAを使用

卵子(増幅有)※1:79検体をプール

卵子(増幅無)※1:123検体をプール

精子:3検体

受精卵(着床前胚):80検体をプール

臍帯血:5検体

検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Post-bisulfite adaptor-tagging(PBAT)法※2
断片化方法 バイサルファイト処理
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプター、プライマー、リンカー) 100 bp
DDBJ Sequence Read Archive ID DRA003802
総データ量 500 GB
コメント(利用にあたっての制限事項)

NBDC policy

※1:下記関連論文1参照

※2:Miura, F., Enomoto, Y., Dairiki, R. & Ito, T. (2012) Amplification-free whole genome bisulfite sequencing by post-bisulfite adaptor tagging. Nucleic Acids Res. 40, e136参照

※FastqファイルのダウンロードはDRAから。

※論文等でデータベースからダウンロードしたデータを含む結果を公表する際には、NBDCヒトデータベースに登録されたデータを利用した旨について謝辞 (Acknowledgement)に記載して下さい。記載例はこちら

 

JGAS00000000006 (DRA003802[オープン]にアクセス制限が変更されました。DRA003802をご参照ください。)

対象

11検体

正常卵子、精子、受精卵(着床前胚)、臍帯血

(卵子、着床前胚についてはプールしたDNAを使用)

規模 ゲノムワイドなメチル化シトシン同定
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina Hiseq 2000/2500
ライブラリソース

それぞれの組織から抽出したDNAを使用

卵子(増幅有)※1:79検体をプール

卵子(増幅無)※1:123検体をプール

精子:3検体

受精卵(着床前胚):80検体をプール

臍帯血:5検体

検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Post-bisulfite adaptor-tagging(PBAT)法※2
断片化方法 バイサルファイト処理
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプター、プライマー、リンカー) 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000006
総データ量 500 GB
コメント(利用にあたっての制限事項)

NBDC policy

民間企業における利用禁止

※1:下記関連論文1参照

※2:Miura, F., Enomoto, Y., Dairiki, R. & Ito, T. (2012) Amplification-free whole genome bisulfite sequencing by post-bisulfite adaptor tagging. Nucleic Acids Res. 40, e136参照

 

hum0009v1.CpG.v1

DRA003802(JGAD00000000006)の集計情報です。

クオリティコントロール方法 バイサルファイト変換効率>99%(λファージゲノムを使用)
マッピング方法 末端4塩基をトリム後、Bismark(v.0.9.0)のデフォルトパラメータを使用してアライメントを実施した。
リファレンス配列 UCSC hg19
平均カバー率(Depth)

卵子(増幅有):4.5

卵子(増幅無):2.5

精子-1:7.6

精子-2:8.1

精子-3:8.8

受精卵(着床前胚):23.5

臍帯血-1:3.2

臍帯血-2:3.4

臍帯血-3:3.1

臍帯血-4:3.2

臍帯血-5:3.6

メチレーション率算出方法 Bismark(v.0.9.0)のmethylation extractorを使用し、各シトシンのメチル化率を算出。CpGサイトについては、両ストランドのリードを合わせてメチル化率を算出した。
総リード数 / ユニークにマップされたリード数

卵子(増幅有):752 million reads / 144 million reads

卵子(増幅無):153 million reads / 80 million reads

精子-1:392 million reads / 243 million reads

精子-2:457 million reads / 259 million reads

精子-3:450 million reads / 281 million reads

受精卵(着床前胚):1275 million reads / 750 million reads

臍帯血-1:181 million reads / 102 million reads

臍帯血-2:185 million reads / 108 million reads

臍帯血-3:177 million reads / 98 million reads

臍帯血-4:179 million reads / 101million reads

臍帯血-5:196 million reads / 114 million reads

データのダウンロード

卵子のCpGサイトのメチル化率データ

精子のCpGサイトのメチル化率データ

受精卵(着床前胚)のCpGサイトのメチル化率データ

臍帯血のCpGサイトのメチル化率データ-1

臍帯血のCpGサイトのメチル化率データ-2

Hashファイル

コメント(利用にあたっての制限事項)

NBDC policy

 

 

提供者情報

研究代表者: 有馬隆博

所 属 機 関: 東北大学大学院 医学系研究科 環境遺伝医学総合研究センター 情報遺伝学分野

プロジェクト/研究グループ名:

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
CREST (エピゲノム研究に基づく診断・治療へ向けた新技術の創出) 生殖発生にかかわる細胞のエピゲノム解析基盤研究 107411
文部科学省科学研究費 新学術領域研究 ヒト生殖細胞のエピゲノムダイナミクスとその制御機構 26112502

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Genome-Wide Analysis of DNA Methylation Dynamics during Early Human Development doi:10.1371/journal.pgen.1004868 DRA003802
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