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NBDC Research ID: hum0003.v1

 

研究内容の概要

目的: HLA遺伝子(HLA-A, -C, -B, -DRB1, -DQB1および-DPB1)におけるHLAアレル完全長塩基配列(約3kb〜14kb)を決定する

方法: Long range PCRにより目的領域を増幅し、Illumina社のMiSeqにより塩基配列を解析する

対象: 複数集団由来セルライン:33名

 

データID内容制限公開日
DRA000908 NGS (HLAアレルの塩基配列決定) 非制限公開 2013/07/01

※リリース情報はこちら

 

分子データ

DRA000908

対象 セルライン33名分
規模 Target Capture
対象領域(Target Captureの場合)

HLA領域

(HLA-A, -C, -B, -DRB1, -DQB1, -DPB1)

Platform Illumina [Miseq]
ライブラリソース -
検体情報(購入の場合) http://www.hpacultures.org.uk/products/celllines/hlatyped/search.jsp
ライブラリ作製方法(キット名) Nextera
断片化方法 Nextera (Tagmentation)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプター、プライマー、リンカー) 250 bp x 2
DDBJ Sequence Read Archive ID DRA00908
総データ量 1.28 GB
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

※FastqファイルのダウンロードはDRAから。

※論文等でデータベースからダウンロードしたデータを含む結果を公表する際には、下記文献を引用いただくか、NBDCヒトデータベースに登録されたデータを利用した旨について謝辞 (Acknowledgement)に記載して下さい。詳しくはこちら

 

提供者情報

研究代表者: 井ノ上逸朗

所 属 機 関: 国立遺伝学研究所 人類遺伝研究部門

プロジェクト/研究グループ名:

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
文部科学省科学研究費 新学術領域研究(研究領域提案型) HLA進化と疾病 リシークエンシングによるHLAゲノム多様性解析 22133002
公益財団法人 武田科学振興財団 医学系研究奨励 (2011年度)  
文部科学省科学研究費 新学術領域研究(研究領域提案型) ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・ 高度情報解析支援 221S0002

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Phase-defined complete sequencing of the HLA genes by next-generation sequencing. doi:10.1186/1471-2164-14-355 DRA00908

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
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